최종 후보에 올라 나주 유치 기대감을 보였던 전라남도는 이 결정에 즉각 반발했다. 

김영록 전남지사는 이날 `다목적 방사광가속기 부지 선정관련 입장문`을 내고 "가속기 평가에서 가장 중요한 요소인 부지 입지에서 나주가 오창보다 뛰어나지만 현장 평가가 제대로 반영되지 않아 상식적으로 이해하지 못할 결과가 나왔다"고 밝혔다.

김 지사는 구체적으로 "나주는 넓은 평지로 최고의 확장성과 개발 용이성, 단단한 화강암으로 인한 안전성 등을 갖췄지만 오창은 표고차가 큰 산악지역으로 부지 정지에 많은 시간과 예산이 소요된다. 또 지반의 뷸균형 침하로 용도가 제한되고 문제가 발생할 수 있다는 지적을 받아왔다"고 주장했다. 김 지사는 이어 "이같은 이유 때문에 그동안 여러차례 평가항목과 기준의 개선을 요구했지만 정부는 반영하지 않았다"고 덧붙였다.

김 지사는 이와함께 "수도권 접근성과 현 자원의 활용가능성에 높은 점수를 반영했으며 이는 과학계 테크노크라트(technocrat) 세력의 수도권 중심사고에서 기인한 것"이라면서 "이런 식이라면 대전 이남에는 대규모 연구시설은 아무것도 하지 말라는 의미와 다름 없다"고 성토했다. 

김 지사는 그러면서 "입지 선정 전 과정이 기울어진 운동장이었던 만큼 결과에 납득할 수 없다"면서 "세부적인 평가 결과 공개와 재심사를 강력히 요청한다"고 강조했다.

김 지사는 특히 "국가과학기술 발전과 국가균형발전을 위해서는 가속기가 추가로 더 구축돼야 한다는게 과학계 전문가의 의견"이라면서 "나주에 방사광가속기를 추가로 구축할 것을 강력히 촉구한다"고 했다.

출향 향우 등 호남인들의 상실감도 컸다.

서울에 살고 있는 채규진씨는 "안타까웠다"며 "이 뉴스에 상심했고, 인내하기 어려운 심정이지만, 그동안 호남권 유치에 함께 마음을 모아준 여러분 수고많으셨다"고 전했다.